Para 1859 la obra ya había pasado por un largo proceso de maduración y muchas de las ideas planteadas por Darwin eran esperadas. Según las referencias históricas, cuando la obra es publicada, en pocos días logra agotarse la primera edición causando diferentes reacciones y una polaridad casi inmediata, desde muchos sectores de la sociedad diferentes a las ciencias naturales. Se dio inicio a múltiples interpretaciones convirtiéndola en obra multipropósito, no solo científica sino incluso filosófica y religiosa, que rápidamente fue cayendo en la confusión debido a las diferencias en interpretación por parte de diferentes autores. Se le atribuye al origen de las especies haber causado una división en relación con la Iglesia Católica.Sin embargo, una lectura cuidadosa de la obra deja ver a un Charles Darwin profundamente religioso, desinteresado en primera instancia por entrar en conflicto con la Iglesia. No en vano en el último párrafo de su obra en la tercera edición atribuye el origen mismo de la vida y la grandeza de la naturaleza al Creador. Como una de las primeras grandes novedades introducidas en el Origen de las especies, está la proposición de población biológica como unidad de cambio evolutivo, a este nivel orgánico actuaría el recién propuesto principio de selección natural, por tanto, se hace indispensable proponer un mecanismo de herencia, por el cual la variabilidad pueda generarse y mantenerse a lo largo del tiempo geológico para dar origen a nuevas especies. En la edición de 1859 aún no se ha planteado un modelo de herencia, sin embargo para 1868 de una forma provisional, Darwin propone el modelo pangenético. Hoy en día, dicho modelo podría parecer superfluo, sin embargo, se examinarán algunos elementos para demostrar cómo Darwin no tomó a la ligera el problema de la herencia.
Charles Robert Darwin postuló que todas las especies de seres vivos han evolucionado con el tiempo a partir de un antepasado común, la teoría del origen común. Y la diversidad que se observa en la naturaleza se debe a las modificaciones acumuladas por la evolución a lo largo de las sucesivas generaciones mediante un proceso denominado selección natural.
Una buena parte de la comunidad científica acepto esta visión de la evolución, dado que daba coherencia al conocimiento existente sobre el mundo vivo y las teorías sobre la evolución existentes con anterioridad. También por parte del público hubo aceptación en vida de Darwin, aunque se generaron grandes controversias en ambos ámbitos que llegan hasta hoy. El libro generó un debate científico, filosófico y religioso de primer orden. Acalorados debates que se reflejaron en la prensa popular. Se tradujo a multitud de idiomas en los primeros años, lo que lo convirtió en un libro científico fundamental.
En la década de los 30`s se presentó la tesis de la síntesis evolutiva moderna, la cual integra la teoría de la evolución por selección natural, la herencia mendeliana, la mutación genética aleatoria como fuente de variación y los modelos matemáticos de la genética de poblaciones.
Aunque el tema del origen del hombre no está recogido en el libro del Origen de las especies, la mención de Darwin de que ayudaría a entender mejor la evolución de la especie humana, tuvo una reacción en el ámbito popular, en los periódicos y revistas de la época través de caricaturas y sátiras, solo superada por la publicación años antes de los Vestigios (Vestiges of the Natural History of Creation) de Robert Chambers publicado en 1844) donde ya se abordaba el parentesco entre el hombre y el mono. El vínculo genealógico entre el hombre y otros primates enfrentó a la comunidad científica. En 1871 Darwin publica El Origen del hombre.
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